研究

显微成像:系统与算法

我们致力于发展跨模态的先进生物医学成像技术,研究涵盖新型成像物理、自底向上的系统设计,以及面向具体成像场景的硬件与计算算法协同设计。我们希望在光子或信号预算、采集速度、成像深度和系统复杂度等实际约束下,优化空间、时间与信息分辨能力。

代表性技术:

(1) Sparse deconvolution 是一种物理信息驱动的重建框架,利用稀疏性与结构连续性突破显微成像系统的既有性能限制,提升分辨率、对比度和信噪比,尤其适用于低信噪比条件。相关应用包括Sparse-SIMSparse SD-SIM

(2) SACD 是一种基于涨落的超分辨框架,仅使用20帧图像即可将横向和轴向分辨率提高约三倍(2 mm × 1.4 mm视场约需10分钟),且无需额外光学器件。Sparse-SACD还可实现快速四维活细胞超分辨成像。另见我们的无标记SACD工作[Light: Science & Applications, 2025]

(3) RIED 是一种面向极端光子受限生物发光(BL)和电化学发光(ECL)的反应发光超分辨框架。通过解码内在发光涨落,RIED无需外部光激发或光化学调制即可实现高对比度二维和三维超分辨成像。BL-RIED支持连续超过两天的超分辨成像。

显微成像系统与算法

从成像物理与仪器研制,到计算重建和系统—算法协同设计。

机器学习:方法与应用

我们发展面向多维生物医学与自然信号重建、分析的机器学习方法:一方面利用显式的物理与结构先验设计可解释计算模型,另一方面利用数据驱动先验解决传统方法难以处理的问题。研究涵盖自监督学习、表征学习、贝叶斯学习和基础模型,应用包括降低显微成像对光子数、采集时间与硬件的需求,以及加速生物图像重建、表型分析与科学发现。

代表性技术:

(1) SN2N (自启发Noise2Noise)是一种自监督学习降噪框架,性能可媲美监督学习,同时无需大规模配对数据集或干净真值图像。它可对多种生物医学成像数据进行稳健降噪,并支持高光子利用率、长时程和低光毒成像。

(2) aSN2N (自适应SN2N)引入自适应预处理和归一化策略,使自监督学习在异质成像条件下保持稳定。该方法在有效抑制重建伪影的同时,提高了对强度变化和背景污染的稳健性。

面向生物医学成像的机器学习

从物理与结构先验,到自监督学习、表征学习和基础模型。

智能生物图像分析与生物医学装置

我们发展智能生物图像分析方法和生物医学成像仪器,以支持自动化、定量化和高通量生物学研究。研究涵盖图像分割、追踪、表型分析和表征学习,以及紧凑型、面向应用的成像装置与系统开发。

代表性技术:

(1) PANEL (逐像素误差位置分析)是一种在超分辨尺度上绘制重建误差的定量框架,可系统评估传统重建方法和基于深度学习的重建方法。

(2) 智能掌上型光流控血液分析仪 是一种基于紧凑成像平台的装置,用于自动测量白细胞浓度和快速血液学分析。

(3) 光场内窥探头 光场内窥探头以MIRD(多微型成像器件)为起点,通过高柔性、紧凑型探头实现单次曝光的高分辨率体成像。我们持续探索新的光学设计与计算成像策略,以进一步提升成像性能、探头柔性和实用性。另见[Optics and Lasers in Engineering, 2026][Optics Express, 2026]

(4) 稀疏共聚焦显微成像与单颗粒追踪 用于揭示SARS-CoV-2病毒样颗粒如何借助丝状伪足,以“滑行”和“抓取”两种不同模式到达细胞进入位点,从而减少在细胞质膜上的随机搜索。另见[European Journal of Cell Biology, 2025]

智能生物图像分析与生物医学装置

从定量生物图像分析到紧凑、面向应用的生物医学装置。

课题组新闻

2026-08: RIED工作已在Nature在线发表。 RIED论文预览图 X · 2026年8月12日RIED发表于Nature一种无激发超分辨显微成像新范式,适用于电化学发光、化学发光和生物发光。在X查看原帖 ↗ 2026-07: 祝贺课题组博士生、共同第一作者桂家辉,RIED工作被Nature接收!

2026-04: 祝贺课题组博士生苏德尔顺利通过博士学位论文答辩!

2026-04: 祝贺课题组博士生苏德尔!其两项光场内窥探头研究分别发表于Optics and Lasers in EngineeringOptics Express

2026-02: 祝贺课题组博士生桂家辉!RIED以bioRxiv预印本形式发布,并同步开放MATLAB工具箱。
2025-09: 课题组PI晋升为哈尔滨工业大学长聘教授

2025-09: 祝贺课题组合作研究人员曲丽颖!其关于SN2N的述评发表于Clinical and Translational Medicine

2025-08: FLAME以预印本形式发布,同时开放MATLAB工具箱。

2025-08: 合作研究EPSLON发表于Light: Science & Applications

2025-07: SR-Wiki成为课题组发布最新成像与分析工具的官方GitHub组织,集中提供课题组成像工具的实现。

2025-06: 祝贺课题组博士生朱竞阳!Adaptive SN2N发表于PhotoniX Life

2025-04: 祝贺曲丽颖顺利通过博士学位论文答辩!
2024-09: SN2N工作已在Nature Methods在线发表。 SN2N论文预览图 X · 2024年9月11日SN2N发表于Nature Methods一种媲美监督学习的无监督去噪方法,仅用单幅含噪图像训练,无需干净的真值图像。在X查看原帖 ↗ 2024-08: 课题组PI获国家自然科学基金优秀青年科学基金项目资助。

2024-06: 祝贺课题组博士生曲丽颖和黄园园!SN2N已被Nature Methods接收。

2024-01: 祝贺课题组博士生曲丽颖和黄园园!SN2N以bioRxiv预印本形式发布(已投稿Nature Methods),并同步开放Python工具箱。

2024-01: Ke Xu博士在Light: Science & Applications发表题为“Mapping super-resolution image quality”的新闻与观点文章,评述我们的rFRC工作。 绘制超分辨图像质量论文预览图 Light: Science & Applications · 新闻与观点绘制超分辨图像质量Ke Xu博士撰写的新闻与观点文章,评述我们利用rFRC定量绘制局部超分辨图像质量的工作。阅读文章 ↗ 2024-01: 课题组PI受聘为教授

2024-01: 课题组PI现任npj Imaging副主编。 npj Imaging编辑委员会预览图 npj Imaging · 编辑委员会担任npj Imaging副主编课题组PI现任npj Imaging副主编。查看编辑委员会 ↗
2023-12: rFRC工作已在Light: Science & Applications在线发表。 rFRC论文预览图 X · 2023年12月14日rFRC发表于Light: Science & Applications一种在相应超分辨尺度上评估超分辨图像质量的工具。在X查看原帖 ↗ 2023-12:Nature Research Community发布关于rFRC的“论文背后”博客。

2023-12: 祝贺课题组博士生苏德尔!Smart palm-size optofluidic hematology analyzer受邀发表于Opto-Electronic Science

2023-12: 祝贺课题组博士生苏德尔!MIRD volumetric endoscope发表于Optics Letters,并入选第48卷第24期特色图片。

2023-09: David Baddeley博士在Nature Photonics发表题为“Deconvolution enhances fluctuation detection”的新闻与观点文章,评述我们的SACD工作。 解卷积增强涨落检测论文预览图 Nature Photonics · 新闻与观点解卷积增强涨落检测David Baddeley博士撰写的新闻与观点文章,评述我们的SACD工作及其两步解卷积流程。阅读文章 ↗ 2023-09: SACD入选Nature Photonics 2023年9月第17卷第9期封面文章。 以SACD为封面的Nature Photonics第17卷第9期封面 Nature Photonics · 封面 · 2023年9月高效超分辨成像封面展示了通过自相关与两步解卷积获得的宽场超分辨图像。该方法仅需20帧即可将轴向和横向分辨率提高一倍,并在10分钟内以128 nm分辨率完成2 mm × 1.4 mm视野内数千个细胞的成像。查看本期内容 ↗ 2023-08: 我们与Yaming Jiu课题组利用稀疏解卷积增强的共聚焦显微成像,揭示SARS-CoV-2调控并利用动态丝状伪足实现病毒入侵的过程;研究在线发表于Science Bulletin

2023-06:Nature Research Community发布关于SACD的“论文背后”博客。

2023-06: SACD已在Nature Photonics在线发表。 SACD论文预览图 X · 2023年6月15日SACD发表于Nature PhotonicsSACD将荧光波动检测灵敏度提升数个数量级,仅需20帧即可实现两倍以上的三维分辨率提升。在X查看原帖 ↗
2022
2022-12: PANELSACD以预印本形式发布。

2022-10: PANELpy完全开源。

2022-07:助理教授身份加入哈尔滨工业大学。

2022-05: SACDmSACDj完全开源。
2021
2021-11: 带GPU加速的稀疏解卷积Python版本发布于GitHub

2021-11:Nature Research Community发布关于稀疏解卷积的“论文背后”博客。

2021-11: 稀疏解卷积已在Nature Biotechnology在线发表。

2021-07: PANELMPANELJ完全开源。

2021-07: 稀疏解卷积Nature Biotechnology接收发表。

2021-03: 关于解卷积的开放科学讨论发布于GitHubTwitter